La chiesa cinquecentesca di Santo Stefano dei Cavalieri venne costruita ex novo da Giorgio Vasari sul sito dove sorgeva la chiesa medievale di San Sebastiano alle Fabbriche Maggiori e sui terreni appartenuti ad alcuni cittadini pisani. Per Cosimo I de’ Medici era infatti necessario offrire un adeguato tempio al neonato Ordine dei Cavalieri Stefaniani. Il progetto originario di Vasari, ampiamente modificato nel corso del tempo, prevedeva una chiesa a navata unica con terminazione retta tripartita. L’austero interno sarebbe stato vivacizzato da poche membrature architettoniche in pietra della Golfolina e da una serie di arredi disegnati dall’architetto, in buona parte perduti.
I lavori iniziarono al principio del 1563 con la demolizione della preesistente chiesa medievale e si conclusero nel 1572 con la costruzione del campanile. Alla morte dell’architetto, nel 1574, non era stata ancora realizzata la facciata, che venne successivamente affidata al progetto di don Giovanni de’ Medici, in parte ispirato alla prima idea vasariana. Le due ali laterali vennero aggiunte nella seconda metà del Seicento e destinate rispettivamente a spogliatoio dei cavalieri e magazzino, per essere congiunte alla chiesa solo nell’Ottocento.
L’interno presenta oggi una navata unica, affiancata da due ambienti laterali, e un ricco altare maggiore di epoca barocca, raffigurante Santo Stefano in gloria sopra la cattedra bronzea. Ai lati dell’abside sono due sontuosi organi, uno settecentesco (a sinistra) e uno tardo cinquecentesco (a destra), che testimoniano l’importanza della musica per il cerimoniale e la liturgia dei cavalieri. L’elegante soffitto ligneo, attribuito al progetto di Alessandro Pieroni, venne eseguito tra il 1603 e il 1604. Racchiude sei tavole con episodi della Storia dell’Ordine di Santo Stefano e cinque emblemi cari ai granduchi, gran maestri dell’ordine.
Lungo le pareti sono esposti bandiere e fanali di nave, ossia i trofei predati durante l’attività marinara dei cavalieri. I frammenti lignei collocati più in basso provengono invece da una nave da parata dell’ordine (fine XVII-inizio XVIII secolo) e raffigurano – con dettagli brutali e discriminanti – prigionieri, panoplie e animali simbolici.
Tra i simboli delle vittorie dei cavalieri sono esposte anche cinque tele monocrome raffiguranti episodi della Vita di santo Stefano. Il ciclo venne realizzato in occasione del sontuoso ingresso di Ferdinando I de’ Medici a Pisa, avvenuto nel 1588 dietro l’attenta regìa di Ridolfo Sirigatti. Appartengono invece all’originario progetto vasariano le due pale monumentali raffiguranti la Natività (1564-1565) e il Martirio di santo Stefano (1569-1571), dipinte da Agnolo Bronzino e dallo stesso Vasari, all’epoca tra i pittori più in voga di Firenze, città da cui proviene la maggior parte delle maestranze impiegate nella chiesa pisana. Le pale, destinate originariamente a due altari lignei lungo la navata centrale, sono oggi rispettivamente al centro della navata sinistra e al lato sinistro dell’altare maggiore, a seguito dell’intervento di restauro eseguito sull’opera vasariana nel 2012.
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