Di proprietà dell’Università di Pisa, il palazzo è stato indicato, nel corso dei secoli, con diversi nomi che ne hanno rispecchiato i molteplici cambi d’uso. Nella più recente bibliografia è attestato sia come ‘ex Collegio Pacinotti’, con riferimento all’istituzione accademica che ospitò per qualche decennio nel secondo dopoguerra, sia come Casa Auditoriale, in rapporto al ruolo storico rivestito presso l’Ordine di Santo Stefano.
Quasi del tutto completato entro il 1597 come due unità abitative a chiusura dell’ala ovest di Piazza dei Cavalieri, l’edificio fu accorpato solo nel 1665 in un’unica struttura. A differenza del Collegio Puteano, con il quale condivise l’origine edilizia promossa dall’Ordine, il futuro Palazzo dell’Università fu dapprima destinato ad affitti privati e solo nella seconda metà del Seicento venne scelto per ospitare gli alloggi dell’auditore, l’alto funzionario nominato direttamente dal granduca per affiancare gli organismi collegiali dell’Ordine. Ancora nel 1751 Pandolfo Titi ricorda come la casa servisse «per l’abitazione dell’illustrissimo signor auditor presidente», nonostante, con il trasferimento nel 1692 del Consiglio dell’Ordine nel vicino Palazzo dei Dodici, questa avesse ormai da tempo assunto, accanto alla funzione residenziale, anche quella di sede della Cancelleria e dell’Archivio dei Cavalieri, subendo vari e progressivi aggiornamenti edilizi per permettere collegamenti interni con l’affiancata struttura. Questi collegamenti rimasero in uso anche quando, passate al Demanio, entrambe le costruzioni furono destinate a ospitare sale di rappresentanza e uffici amministrativi della Provincia di Pisa. Fu quindi nel medio Novecento che altri interventi vennero operati nel futuro Palazzo dell’Università, questa volta per integrare i suoi ambienti con quelli del Puteano e infine ospitare anche il Collegio Pacinotti: una situazione di dialogo che rimase di fatto in essere fino agli anni Novanta.
Oggi il palazzo è una delle sedi del Dipartimento di Giurisprudenza dell’ateneo pisano, che si estende anche in alcuni ambienti dell’annesso Palazzo dei Dodici. Questa funzione è ricordata da una targa recente, posta accanto al portale di accesso, realizzato con una cornice a bozze recante un intaglio con la croce stefaniana sulla chiave dell’arco, al quale si accede salendo cinque gradini. Le finestre rettangolari su tre livelli continuano anche lungo la striscia di prospetto accanto alla facciata del Palazzo dei Dodici e presentano cornici in pietra della Golfolina, simili a quelle del Collegio Puteano.
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