L’edificio, attualmente proprietà dell’Università di Pisa, venne costruito tra il 1595 e il 1598 da Cosimo Pugliani a completamento dell’ala ovest della piazza per volere di Ferdinando I de’ Medici. Era originariamente formato da due case e, insieme al Collegio Puteano e alla chiesa di San Rocco, costituiva un blocco edilizio uniforme che rispondeva alla tipologia delle case a schiera. Nelle intenzioni dell’Ordine di Santo Stefano tutto il blocco, pur mantenendo l’indipendenza dei singoli edifici – ciascuno di tre piani –, avrebbe dovuto presentare un prospetto uniforme marcato da pochi elementi architettonici e una decorazione ad affresco, poi realizzata solo al Puteano. Per la costruzione di questo lato della piazza furono utilizzati materiali di recupero da altri edifici già terminati, come il Palazzo della Carovana e la chiesa di Santo Stefano.
Le due case di cui il fabbricato attuale è composto svolsero la funzione di abitazione per buona parte del Seicento. Una ospitò alla fine del secolo la casa dell’auditore, l’alto funzionario nominato direttamente dal granduca che affiancava gli organismi collegiali dell’Ordine.
Con il trasferimento del Consiglio dei Dodici nel vicino Palazzo dei Priori, avvenuto nel 1691 (oggi Palazzo dei Dodici), le due strutture cambiarono destinazione d’uso: divennero rispettivamente sede della Cancelleria e dello Scrittorio e ufficio del cassiere dei Cavalieri. È in questa occasione che probabilmente venne effettuato un collegamento a livello del piano nobile con l’edificio che ospitava l’organo collegiale.
I due stabili subirono alcuni restauri e ammodernamenti alla metà del Settecento, insieme al resto dei palazzi dell’Ordine, ma mantennero ingressi separati almeno fino al 1809 – mentre gli ambienti del primo e del secondo piano risultavano già collegati. Successivamente, con la nascita dello Stato Italiano, divennero sede degli Uffici dell’Amministrazione Provinciale.
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